得利於特殊的地理位置及氣候環境，臺灣擁有豐富的生物多樣性，其中原生水生物種是相當值得關注的自然資源。原生種之定義為「藉由自然力傳播、非經人為引進而繁衍於本地之生物」，臺灣目前共記錄了40種淡水原生蝦類，包括匙指蝦科19種（其中凱達格蘭新米蝦及赤崁新米蝦為臺灣特有種）及長臂蝦科（沼蝦）20種、槍蝦科1種。
多齒新米蝦等體型較小的匙指蝦科物種主要生長於臺灣溪流中，早期多作為工具蝦，用以清除水族缸中的碎屑與附著藻。近年來透過育種改良，培育出許多特殊花色變異的品種，加上水族缸小型化趨勢的影響，成為觀賞水族玩家的新寵，出口總值高達446萬美元，市場發展潛力驚人。除了具有觀賞價值，多齒新米蝦同時也是毒性試驗中的模式生物，可作為環境水質評估指標。匙指蝦科中還有許多形態特殊、精巧可愛的蝦種，例如前肢特化如網球拍的附刺擬匙指蝦、花紋型態鮮明的普氏米蝦、具有長額角的長戟米蝦等均為觀賞水族市場的熱門品種。另外一類原生蝦類～長臂蝦，因為體型較大，具有食用價值，例如山產店俗稱的過山蝦、炸溪蝦就是長臂蝦科的貪食沼蝦及粗糙沼蝦。
粗糙沼蝦體色多變，屬終身陸封型淡水蝦，因體型較大，具食用價值
附刺擬匙指蝦因其前肢特化型態在水族市場上廣受青睞
目前除了多齒新米蝦因為花色多樣備受青睞，吸引許多養殖業者著手培育之外，其餘原生蝦種幾乎都須仰賴野外採捕，加上近幾年來因為棲地被破壞，族群量逐趨下降。本所有鑑於此，近年來積極建立各原生蝦種的繁養殖技術，目前已陸續累積多項成果，包括完成多齒新米蝦繁殖試驗，記錄其生殖腺發育週期及繁殖特性；完成貪食沼蝦種蝦形質鑑定及繁殖試驗，記錄蝦苗發育型態變化與生殖腺發育、抱卵數、抱卵週期頻率等各項生理參數；完成附刺擬匙指蝦繁殖試驗，記錄蝦卵及蝦苗發育過程，並育成F1蝦苗以及完成普氏米蝦繁殖試驗，建立蝦苗培育技術並比較投餵不同密度藻類對蝦苗成長之影響。希望透過這些研發成果，可以促使該些原生蝦種的穩定量產，減少對野生資源的耗損，並增加其商業價值，進而提供產業更多元化的應用。