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水產生物之基因體定序組裝、註解分析與線上分析平台資料庫建置

  • 作者:水產養殖組/黃慶輝

本所於3月29日邀請中央研究院資訊與科學研究所林仲彥副研究員,以「水產生物之基因體定序組裝、註解分析與線上分析平台資料庫建置」為題進行專題演講。林副研究員為國立臺灣大學動物學研究所博士,且具高考水產養殖技師資格,憑藉他在水生生理學、生物學及資訊科技領域的專業背景,近年與合作研究對象持續進行重要經濟水生動物基因組和轉錄體組解析,目標為結合創新資訊技術與生物醫學知識,來嘗試解析生命的奧秘,提昇人類的生活品質。

目前基因組解析仍以演化上佔重要地位及經濟性物種為主,林副研究員首先說明次世代定序及第三世代定序的特性及後續研究可能遭遇的問題,並解釋如何將龐大的定序資料經由:1.次世代定序方向之策略選擇;2.利用有效演算法及流程之序列組裝;3.基因結構解析及快速功能註解及4.轉錄體與基因體之線上分析平臺及資料庫建置,進行有效之實際應用,並以黑鯛、金目鱸及日本鰻等重要經濟物種為例,說明目前之研究現況及實際應用情形。

接下來林副研究員說明目前建置之基因體、轉錄體資料庫與基因表現比對及生理代謝網絡之線上分析平臺MOLAS (Multi-Omics onLine Analysis System)。MOLAS為分析次世代定序基因表現概況之線上分析平臺,除應用於人類及小鼠等模式生物外,亦能分析如石斑魚、日本鰻及臺灣鯛等非模式物種,該介面可蒐尋特定基因群的擷取及差異性比對、功能分析及基因群管理,並參與基因叢集分析及代謝網路之呈現及線上分析基因表現等功能,可將非模式物種之相關研究提升至模式物種層次。演講完畢後,本所進行水產生物基因相關研究的同仁踴躍請益目前有關定序資料的分析方法、策略選擇及今後的研究方向等,討論十分熱烈且收穫良多。