黑潮暖流起源於菲律賓東方海域，向北經過台灣東部，當黑潮主流軸進入台灣東北海域時，其表層與次表層水會受海底地形及季節風作用，侵入東海陸棚區與大陸沿岸水產生劇烈交匯作用，形成顯著的黑潮鋒面及冷渦等表層水文特徵變化。