深海魚可以大洋洄游性的鮪、旗、鯊類為代表，根據衛生署建議，該類魚貨每週以食用1次，每次50 g以下為宜，並避開魚皮、內臟、魚卵等油脂含量高的區位。美國FDA更建議孕婦應避免食用，以免造成新生兒的缺陷。
細部說明：
深海魚類與大型魚類通常有較長的生命週期，加上生物累積作用，使其脂肪較容易累積重金屬 (如汞)、戴奧辛、多氯聯苯及其他環境荷爾蒙等化學污染物。較常被檢驗出受污染的魚種主要有：鮪魚、旗魚、鮭魚、鯊魚等。目前這些資訊多散見於各單位的調查報告，雖有新聞公布，但沒有固定更新紀錄的網站，建議參考中研院的海鮮食用指南 (http://fishdb.sinica.edu.tw/chi/seafoodguide. php) 選擇安全適當的海鮮。