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澎湖水族館外觀是一棟造形優雅的兩層樓建築，展示的生物種類涵蓋以澎湖群島為中心，半徑兩百公里以內的海洋生物。一樓共有沿岸生態、珊瑚礁生態以及大洋生態三個展示區，讓遊客由淺到深，一探海洋生命之美；其中最引人入勝的是一座穿越池底，直徑二點八公尺，長十四公尺的半圓形隧道，提供參觀者全方位的視野，營造彷彿置身海中的真實感受。水族館二樓不定期推出不同的特展主題，展示內容包括海洋漁業、水產養殖、海洋生態等，期望可以為民眾開一扇海洋的窗口。