| 所長室 | Director General | 張錦宜所長 | cichang@mail.tfrin.gov.tw | (02)24622101#2201 |
| 副所長室 | Deputy Director | 葉信明 副所長 | hmyeh@mail.tfrin.gov.tw | (02)24622101#2202 |
| 主任秘書室 | Chief Secretary | 曾振德
主任秘書 | cttseng@mail.tfrin.gov.tw | (02)24622101#2203 |
| 秘書室 | Secretariat | 許復盛
專門委員 | fshsu@mail.tfrin.gov.tw | (02)24622101#2268 |
| 人事室 | Personnel Office | 吳建曄主任 | jeff_wu@mail.tfrin.gov.tw | (02)24622101#2211 |
| 主計室 | Accounting Office | 劉淑芳主任 | sfliu@mail.tfrin.gov.tw | (02)24622101#2221 |
| 政風室 | Civil Service Ethic Office | 張俊換主任 | chchang04@mail.tfrin.gov.tw | (02)24622101#2236 |
| 海洋漁業組 | Marine Fisheries Division | | | (02)24622101#2401 |
| 水產養殖組 | Aquaculture Division | 曾福生組長 | fstseng@mail.tfrin.gov.tw | (02)24622101#2801 |
| 水產加工組 | Seafood Technology Division | 蔡慧君組長 | hjchai@mail.tfrin.gov.tw | (02)24622101#2601 |
| 企劃資訊組 | Planning and Information Division | 蔡惠萍組長 | hptsai@mail.tfrin.gov.tw | (02)24622101#2501 |
| 淡水繁養殖研究中心 | Freshwater Aquaculture Research Center | 楊順德主任 | sdyang@mail.tfrin.gov.tw | (04)7772175 |
| 海水繁養殖研究中心 | Mariculture Research Center | 許晉榮主任 | jrhseu@mail.tfrin.gov.tw | (06)7880461 |
| 沿近海資源研究中心 | Coastal and Offshore Resources Research Center | 翁進興主任 | j-s.ueng@mail.tfrin.gov.tw | (07)8218104 |
| 東港生技研究中心 | Tungkang Biotechnology Research Center | 吳豐成主任 | fcwu@mail.tfrin.gov.tw | (08)8324121~3 |
| 東部海洋生物研究中心 | Eastern Marine Biology Research Center | 何源興主任 | yshu@mail.tfrin.gov.tw | (089)850090 |
| 澎湖海洋生物研究中心 | Penghu Marine Biology Research Center | 謝恆毅主任 | hernyi@mail.tfrin.gov.tw | (06)9953416 |