本所為支持國家海洋政策，實現漁業施政效能在各領域之工作。建構健康友善與適地適養之養殖生產模式，持續精進育種與繁養殖等相關技術，穩定產業發展，建構高效體系，鏈結國際市場，精進安全控管，打造健康福祉。期望本所研究團隊的研究及創新技術，能為臺灣漁業帶來創新及永續利用的貢獻。