近年來養殖魚蝦貝類常因為環境污染及感染各種病原菌，而導致大量死亡，使養殖業者蒙受巨額的損失。養殖業者為了減少損失，常會使用各種藥劑進行消毒殺菌，但也造成藥物殘留的後遺症。養殖石斑魚的孔雀石綠事件就是例證之一。本所為解決此一嚴重問題，除積極研發疫苗解決病毒問題及加強開發藥物殘留檢測技術外，並針對奈米光觸媒二氧化鈦對養殖用水中有機物質、氨氮、總生菌數及大腸桿菌的處理成效，進行一系列的研究，目前已獲得令人振奮的成果。