台灣周邊沿近海域之漁業資源評估調查及漁場創新是本所的研究主軸之一，然原先肩負此項調查任務之海建號、海富號試驗船船齡已有20幾年，軟、硬體設施已不敷需求，因此已先後於2010年、2011年報廢除役。本所有鑑於此，當時即有迫切再建造一艘設備新穎之多功能漁業試驗船的規劃，以免台灣周邊沿近海域之各項漁業調查研究工作受到影響。因此，方有今日「水試二號」多用途漁業試驗船之誕生。「水試二號」加入執勤行列後，運用其所配備之多項先進的科學儀器，除有助於本所對於台灣經濟海域之水文環境與漁業資源的組成特性、資源狀態等有更全向性、更精確的掌握，亦可在漁場環境調查監測與改善技術的研發上提供助力 (如人工浮魚礁投放地點調查與後續漁業資源評估)。