雖然根據許多研究顯示，乳酸菌細菌素可做為食品加工之天然防腐劑使用，但是實際上其應用仍會遭到諸多限制，除了細菌素本身純化上的問題，導致生產成本偏高外，細菌素的真正效用仍會受到目標細菌的影響，因該些細菌以先天或後天上對細菌素存有拮抗性。