目前應用於遺傳育種領域的分子標記很多，主要有限制性片斷長度多態性 (RFLP)、隨機擴增多態性DNA (RAPD)、擴增片斷長度多態性 (AFLP)、微衛星DNA或簡單重複序列 (SSR)。每種分子標記都有其分析原理和特點。RFLP是利用放射同位素或非放射性物質標記探針，與轉移至尼龍膜上的總基因組DNA (經限制性內切酶消化處理) 雜交，由限制性酶切片段的大小，來檢測不同遺傳位點之等位變異；RFLP標記呈共顯性遺傳，分析結果穩定可靠，但有DNA的需要量大、檢測步驟較多、週期較長、多態性較少等缺點。RAPD技術是以基因組DNA為模板，以一個隨機的寡聚核苷酸作引物 (primer)，經PCR擴增反應，產生不連續的DNA產物，以檢測DNA序列的多態性，其操作簡便，但具重複性較差之缺失。SSR是對基因組中的微衛星DNA進行擴增，其優點是高水準的多態性、容易檢測和產生共顯性標記，這種標記費工耗時、且分子量分析不易；AFLP是選擇性擴增基因組DNA的酶切片段，重複性佳，缺點是操作流程較為複雜，需要多步驟的操作，包括DNA酶切、連接 (Ligation) 和擴增，要使每一條件都達到最優化較為困難；此外，甲基化敏感的限制性內切酶對DNA的甲基化可導致〝假多態性〞的產生，AFLP分析中識別AATT位點的Mse I酶常會引起一些物種基因組中標記分布不均衡的現象。