澎湖海域海馬種類計有：庫達海馬 (Hippocampus kuda)、棘海馬 (H. spinosissimus)、長棘海馬 (H. histrix) 及三斑海馬 (H. trimaculatus) 等四種。其中三斑海馬棲息於較深海域，主要分布於南溝 (60－100 m) 海域，而庫達海馬及棘海馬則通常棲息於較淺的沿岸區域。2008年2月由於澎湖淺海寒災之故，造成庫達海馬及棘海馬大量死亡，在沿岸已鮮見其縱跡；而三斑海馬因棲息於較深的水層，故底拖網仍偶可捕獲，但數量也不多。