光合菌具有葉綠素或類胡蘿蔔素等色素，可以行光合作用合成自身所需的醣類或能量，是自然界的生產者；另可以分解小分子有機酸轉換成自身所需，也是自然環境的分解淨化者。養殖場上常用的光合菌菌株 (Rhodobacter sphaeroides，淡水繁養殖研究中心所分離保存的菌株) 和其它有益的生態菌種「益生菌」，對水生環境和養殖場具有很多益處和效能。例如，它有助於淨化池底和改善水質；添加在飼料中口投給水產生物，會很快的在場道增殖，形成微菌落 (microflora)，具有整腸、促進消化和增加飼料效率的功效。最近的實驗結果顯示，鏈球菌疫苗配合光合菌或其它益生菌口投，可以有效調節魚體免疫力和增強魚體對抗疾病的能力。