遺傳連鎖圖譜相當於將N組拼圖文件混在一起，再將拼圖完成的過程。其中，N是指遺傳連鎖群，拼圖文件則是指遺傳標誌。以同一物種來說，由於生物體每一條染色體均有不同的遺傳重組 (genetic recombination) 機率，導致不同個體的遺傳連鎖圖譜皆略有不同。事實上，繪製遺傳連鎖圖譜遠比拼拼圖簡單的多，因為拼圖的形狀為二次元的結構，而遺傳連鎖圖譜僅僅只是一次元的結構。建立遺傳連鎖圖譜大致上可分為三大步驟：(1)集合所有的遺傳標誌，以1對1的方式分別計算所有遺傳標誌之最小重組距離，藉以定義出多個遺傳連鎖群；(2)依照順序進行排列，將同一遺傳連鎖群的遺傳標誌之相對位置排列正確；(3)計算各遺傳連鎖群之遺傳總距，並以數字標示各遺傳標誌之間的遺傳距離。