台東分所之前身「新港工作站」成立於1974年9月，係本所在台灣東部唯一之研究分支機構，以發展東部地區之海洋及養殖漁業為宗旨。1990年10月廖所長邀請水產評議委員台灣大學黃仲嘉教授、劉錫江教授，海洋大學游祥平教授、蕭錫延教授至本分所實地勘察。鑑於東部漁業發展之需要，經評議委員會之正式建議，將本分所之設施擴建，規劃研究大樓、水族生態展示館、養殖區、學人宿舍區及招待所區等部門。因原養殖場面積僅0.4公頃，不敷使用，在成功鎮公所及台東縣政府之大力支持下，取得分所後方之海濱公有土地4筆計2.2公頃，並自1996年起逐年編列本工程預算44,300萬元。