為了改進及發展臺灣養殖漁業，西元1913年 4月，日據時代臺灣 總督府在新竹州八塊庄（今桃園縣八德鄉）設立霄裡水產試驗所； 1918年12月另設鹹水養殖試驗調查機構於臺南市上鯤鯓，即本分所前 身；1929年11月改為水產試驗場臺南支場；1941年改銜為水產試驗所 臺南支所，台灣光復後（民國34年）改為臺灣省水產試驗所臺南分所 。