藻類的種類繁多，植物學家根據其所含色素種類、儲藏物質、細胞璧成分、鞭毛數目及著生位置、細胞及細胞構造的特徵，把藻類分為十大門：一、藍藻植物門、二、原綠藻植物門、三、綠藻植物門、四、輪藻植物門、五、裸藻植物門、六、褐藻植物門、七、金藻植物門、八、甲藻植物門、九、隱藻植物門、十、紅藻植物門。海藻包括小部分的藍藻及綠藻植物門和大部份的褐藻及紅藻植物門的種類。在台灣有記錄的海藻約有490種，其中藍藻3科，6屬，8種，綠藻16科，29屬，120種，褐藻 9科，25屬，100種，紅藻34科，97屬，270種。