冷凍保存係採用液態氮為冷媒作長短期之超低溫保存。魚貝介類配子之冷凍保存方面，近年來國內在種魚（石斑、黑鯛、虱目魚、鯉魚和吳郭魚等）及少數貝類（牡蠣、文蛤、九孔）之基礎研究與技術改進，已有長足的進步，在應用方面也頗為成功（如石斑魚之精液冷凍保存），並且推展至民間繁、養殖殖場實際採用。利用配子保存之技術可以協助業者解決自體人工繁殖時配子不足，種魚成熟時段或季節不一致的問題，且有助於種源庫的建立及胚胎學和低溫生物學之實質發展。