養蝦水色是由植物性浮游生物所產生，透明度大約維持在25－30 cm，水色以淡綠色或茶褐色最適宜。若水色過清，透明度大於35 cm，容易使絲藻繁生，減少蝦的活動空間及阻礙蝦的成長，也會增加泰國蝦的殘食。水色過濃，透明度降低至25 cm以下，形成墨綠色或藍綠色時，則表示池水過肥，池底已老化，池中有機物大量增加的現象，水質已優養化為藻華。
藍綠藻為主之水色，易造成蝦池水中溶氧缺乏，浮游生物死亡而造成水質污染，池蝦也容易發生病害，因此養殖過程中應適當換水及施肥來維持良好的水色，並維持水中透明度為25－30 cm。
依據經驗術語：「養魚蝦先養水，養水先養土」，養蝦要有良好水色，在放養蝦苗前務必做好放養前之準備工作，包括清池、曬池及整池，調整pH值及施放基肥才能產生良好之水色。因此，放養前若沒有做好整池作業，蝦苗放養初期因個體小、投餌少、殘餌及排泄物等對蝦池生態環境及水質影響不大。經飼養一段時間至中後期，池蝦逐漸增長，投餌量增加，加上殘餌、糞便及動物屍體等累積，會引起一連串生物及化學變化，導致水中溶氧降低，氨氮增加等水質敗壞，甚至導致倒藻的危險。因此養殖過程中，底層可適當排水、補水，並添加適量微生物製劑或益生菌來維持水質及藻相。