光合菌生長的條件要求不高，只要提供足夠日光和有 (無) 機碳源，便可在環境中大量增殖和長久存活，形成生態環境系統中的一環，如初始添加量較高，對於早日建立生態優勢菌群將有正面助益，應無過量問題。
台端所指小球藻即綠球藻 (Chlorella sp.)，也是一般養殖常見的綠水藻種，如欲使用微藻進行水質調控之觀念值得鼓勵推廣，惟須注意養殖過程水色濃度不宜過深 (透明度過低)，應每日巡視觀察，如水色過濃恐造成pH震盪過大，並有倒藻死亡腐敗，而產生耗氧、缺氧等現象，將不利養殖成效，屆時可適時換水及調整日常投餵量，穩定控制適宜水色。另台端從事烏魚養殖 (海水)，建議可使用同為綠水藻種之擬球藻 (Nannochloropsis oculata)，兩者外型相近，同樣具備微藻於水產養殖之應用功能，如改善水質、穩定環境、供餌料生物攝食、增加溶氧量等，但營養價值更高 (富含二十碳五烯酸，即EPA)，大量培養方式為添加無機化肥，硫酸銨60－80 g/噸水、尿素30 g/噸水、過磷酸鈣30 g/噸水，如需藻種可向本所東港生技研究中心藻類室申購 (08-8324121#283)，如有微藻培養相關問題，可至「農民學院網站」(https://academy.coa.gov.tw/index.php) 報名農民學院-餌料生物與應用入門班/進階選修班，訓練課程皆有講師進行講授。