藍綠藻於蝦池好發的條件包括水溫25℃以上、強光照、有機質多、氮磷比值偏低 (7:1以下)、有機磷偏高、pH值偏高、無機氮化合物中氨氮高而硝酸鹽低、池底堆積污泥導致缺氧等。造成上述條件的可能原因為水源為內陸地下鹹水，本身有機磷、磷酸鹽及氨氮濃度較高，養殖投餵量偏高以及換水量少。建議從上述好發條件著手，包括養殖池遮光、加強換水 (無上述問題的水源，每日30% 以上) 來移除有機質與有機磷，並減少投餵量，使氮磷比值提升至16:1以上、降低pH值、增加池底溶氧量，使磷被底泥固定而無法被藍綠藻利用。另外可以使用益生菌包括乳酸菌、枯草桿菌或光合細菌，一方面可調節水質，降解有機物與有毒物質及平衡pH值，另一方面可發揮微生物競爭排除功用來抑制藍綠藻的生長，同時還可以增強白蝦的免疫力。