魚菜共生系統水質中的酸鹼值以維持在6.0－7.5較佳。當系統長期穩定運作時，植物為吸收栽種環境中的鉀、鈣、鎂、鐵等生長所需但水體中缺乏之元素，會自根毛的根尖產生一種類似硫酸的物質，將其周遭的土壤或石塊等溶化分解，吸取生長所需的微量物質，從而使流經的水體酸化。可在系統水中添加鉀鹽 (如氫氧化鉀或碳酸氫鉀) 和鈣鹽 (如氫氧化鈣、熟石灰或碳酸鈣) 交互使用加以調整。