依據貝殼的組織結構，可分成三層，最外一層為角質層 (或稱皮層，periostracum)，中間層為稜柱層 (殼層，prismatic layer)，最內層為珍珠層 (殼底，pearl layer)。角質層由類似人類指甲、頭髮之硬蛋白形成，耐酸性；稜柱層由方解石 (calcite) 構成，自外套膜背面邊緣分泌；珍珠層為霰石 (aragonite)，由外套膜全表面分泌形成，隨動物的生長而增厚，且具光澤。
以目前養珠技術，完全以二枚貝的種類為主，且人們能接受這些光澤，包括擬瓣鰓類 (如珍珠貝、黑蝶貝、白蝶貝、紅蝴蝶貝)、真瓣鰓類 (如文蛤、石蚌、牡蠣、蛤蜊) 及鰓絲類 (如貽貝) 等。