寄生蟲分為許多種，在治療上尚無一種藥可適用於每一種寄生蟲。一般而言，原生動物類寄生蟲(如白點蟲、車輪蟲等)可用福馬林、甲基藍或孔雀綠(不可用於食用魚)治療，吸蟲類(如三代蟲、指環蟲等)可用福馬林或mebendazole治療，蠕蟲類(如絛蟲、蟯蟲等)可用flubendazol、concurat、levamisol治療，節肢動物或甲殼類寄生蟲(如魚虱、錨蟲等)可用有機磷類(如三氯松、馬速展等)治療。
在治療的方式上，因體外或體內寄生蟲而有所不同，體外寄生蟲可直接將藥投入水中治療，體內寄生蟲比較麻煩，除非是腸道內的寄生蟲可藉口服用藥治療外，其他器官的寄生蟲如寄生於鰾的鰾線蟲，寄生於肌肉的孢子蟲等，均無法以藥物治療。
因為寄生蟲用藥毒性較強，建議先確定是否為寄生蟲感染？感染何種寄生蟲？再考慮用藥的問題，否則適得其反，可能會加速魚的死亡。
有關魚病診斷及用藥諮詢，可就近洽各縣市家畜疾病防治所協助。