漁業資源之調查、評估、培育、管理以及種原保存等研究，均需由物種的確認著手。而種類的鑑定除了利用傳統形態學方法外，也會利用分子生物學的方法以彌補前者不足之處，並闡明相關物種的系統分類地位與演化角色。本所建立的DNA資料庫是以台灣周邊海域及國內養殖物種為主要對象。目的是將台灣物種多樣性的資料庫與台灣生物多樣性資訊網 (TaiBNET) 相結合，以建立更完整的基礎科學資料，促進國際間相關資料之標準化與相互交流合作。近年來由於部分進出口或走私的水產品是去頭去尾的不完整個體，物種的辨識不易，除了造成本地漁民權益的損失之外，在食品安全管理上也形成極大的漏洞，因此本項研究及資料庫的執行與建置，當可協助解決物種鑑定方面的困難。
現階段本資料庫是以建立物種的粒線體DNA中的COI (Cytochrome c Oxidase subunit I) 基因的序列為主。選擇此段基因是由於COI基因為國際公認的生物基因條碼。將生物DNA條碼化，使它成為一件準確和可靠的分類工具，可以節省成本並有效的把目前沒辦法分類的生物做正確的歸類。粒線體DNA是一個小型且結構簡單的環狀基因，它的特色除了是經由母系遺傳外，其演化速率相對於染色體的DNA快很多，因此被生物多樣性研究人員成功的用來鑑定物種。至於判定是否非本國海域可捕獲之魚種問題，則必須自族群鑑定著手。
由於每個物種的DNA變異速率並不相同，各個物種需要單獨建立其族群資料庫，再與不同地理區的族群做比較，才可了解此段DNA序列是否可以做為族群鑑定的依據。而本資料庫所建立的COI基因相對於族群鑑定的探討並不合適，主要是COI基因演化速率較為保守，因此進行族群鑑定時，差異並不明顯，需要另外找尋適用的基因片段或是微衛星 (microsatellite) 等技術來探討。此部分的試驗極為繁瑣，同時本所相關資料庫現階段並非以族群鑑定為目的，因此目前無法以DNA技術來判定樣本是否非本國海域可捕獲之魚種。