吳郭魚養殖以集約式單養效果較佳。成魚養殖過程中有時會發現魚苗大量繁殖，干擾正常的養殖。這是因為在大量選別種魚時，誤判種魚性別，導致魚苗雄性比率下降；再者，吳郭魚是雌雄異體的兩性生殖魚類，性別決定主要是靠性染色體的基因型，但溫度、壓力及光線等外在因素或體染色體也有可能會影響，所以單雄性吳郭魚養殖，理論上雄性比率應達100%，但實際大量養殖時仍約有5－10%的雌魚。吳郭魚成長到150－200 g時，生殖腺漸漸成熟，為防止魚苗大量繁殖，一般都採生物控制法，即放養掠食性的魚類來捕食魚苗，通常鱸科魚類、鯰魚、鱧魚或馬拉麗體魚 (俗稱淡水石斑或珍珠石斑) 都很適合，每公頃放養300－600尾掠食性魚類可有效控制魚苗的大量繁殖。