由於水母類沒有神經，因此農藥殺不死，只有保存屍體用的福馬林可以有效殺除。
但是，福馬林太毒，通常是用在小規模的水泥魚池和水族箱作徹底清除寄生蟲和殺菌之用。您的池子太大，若要達到可以殺死水母的濃度時，對農作物和土地都會有很大的傷害，且施藥的人也可能會中毒，而致癌的風險也很高。
基於此，建議利用農閒之時把水塔內的水放乾，然後徹底地把池壁刷乾淨，再曝曬2－3天，如此一則可以將現有水母的花蟲體和水螅體清除，再則是將附生的藻類刷掉，斷絕水母的食物來源，讓他們活不下去，只是，此方法只能清除掉現有的水母和他們的後代，未來如果有新的水母跑進來，只好再刷一次。
您的水源是地下水，照理說是沒有任何生物存在的，因此請再留意看您的池水是否有混到田溝水，才讓水母跑進來，由於水母的配子體 (等同一般高等生物的蛋) 很小，肉眼看不見，無法攔截，只能設法不讓田溝水流進水塔。
其實，水母在自然水體中都一直存在著，只是以前的量很少，未受到注意。近年則因全球暖化現象造成其大量繁生，在海域已對漁業和水上休閒活動造成很大的影響，但國內外目前都還沒有找到有效的對策。