一般文蛤發生死亡除特殊情況外，必定於數週或數日前即有徵兆。當發現文蛤自池底沙土中露出殼體，即表示文蛤有適應不良的現象，應立即啟動水車增加溶氧，或馬上排水並注入淡水，以降低鹽度，如未改善，則可使用底質改良劑或持續注排水來維持最低鹽度。通常健康文蛤在水質良好、無病源感染或底質佳等狀況下，縱使氣候環境急劇改變亦不會發生異常死亡。
文蛤死亡情況可分為一般性及季節性兩種，一般性大多為管理不善所造成，如：藻色過濃、不當投餌造成底質惡化，有機物堆積於池底，在有氧的情況下，有機物會先行好氣性分解，由好氣性微生物將有機物完全氧化分解為無機營養鹽。但當過量的有機物存在時，將降低池底的溶氧，文蛤長期生活在低溶氧狀況下，會降低攝食率而導致成長受阻。在無氧狀況下，有機物分解的產物為有機酸、甲烷、氨及硫化氫等有毒物質，造成文蛤體質變弱，易導致大量死亡。而季節性即為農曆3、6、9月季節交換時期之死亡現象，此時期文蛤極易受環境刺激而大量排精排卵，由於所排之精卵在池中無法順利受精發育而死亡，因而增加池中有機物的沉積，造成池底快速惡化，再加上季節變化的刺激，便得文蛤體質變差，極易造成死亡。
因應對策：(1)開動水車增加溶氧；(2)儘量排水以降低水位或邊排水邊注水。甚至可利用夜間排乾池水，再以淡水清洗後補充海水，並維持池水鹽度在15 psu；(3)施撒沸石粉或水質、底質改良劑以改善養殖環境。