一般養殖池底土狀態可用氧化還原電位(ORP)，即底質有機物質負載程度的指標來評估，因為氧化還原電位的變化，能反應底土中有機物含量，當有機物增加時，會因微生物的分解造成底土溶氧量減少而使氧化還原電位下降。當有機物減少時，耗氧量下降，氧化還原電位會逐漸上升，因此可作為有機物質污染的指標。依據氧化還原電位可將底土分類為：(1)氧化態 (400－700 mV)；(2)低還原態 (100－400 mV)；(3)還原態 (-100－100 mV)；(4)高還原態-100－-300 mV)。
光合細菌 (Photosynthetic bacteria, 簡稱PSB) 屬革蘭氏陰性細菌，厭氣環境下可利用光能進行光合作用，以H2S和有機物作為供氫體，以CO2或有機物作為碳源。光合細菌應用在水產養殖上，主要是在於淨化水質，消耗水中有機物以及避免水池底泥產生硫化氫。另外光合細菌對魚、蝦、蟹、貝類幼體具有促進生長，提高活存率的作用。可能是因為光合細菌營養物質含量高，其蛋白質含量超過大豆，維生素B群種類與含量超過酵母，特別是維生素B12、葉酸和生物素等含量豐富，可適當將光合細菌混入飼料中餵食水產生物。一般養殖戶在室外土池大量培養光合細菌時，每噸海水加入下雜魚1－2 kg及茶粕0.2 kg或魚溶漿0.2－0.5 kg。也有人用鳥糞來培養光合細菌，但有藥物殘留的疑慮，最好改用其他方法。