一、前言
判斷養殖池水之中能否提供蜆豐富藻水 (小球藻(綠藻)、矽藻、盤星藻、柵藻等) 的方法：一般係以可濾過浮游生物網的水色濃度、顯微鏡觀察及利用直徑30 cm的白透明度板，垂直放入藻水池之中，以測定藻水池水的透明度等方法判定。
透過重覆培育藻水的過程會發現，其實優良的藻水是隨同自然界的律動，很有秩序的發生。所以理想之培育藻水工作，還是需要規律的在藻水池內，陸續進行曬池、翻動池底砂泥土、施肥等步驟。當藻水池注滿水之後，經培育約4－6天，就很容易培育出理想藻水。同時如果能善用經設計、規畫之所謂多池衛星小藻水池；當進行使用多池藻水池，以重覆引入藻水進入蜆養殖池的方式時，自然能有效供應蜆池最需要及豐富之藻水 (小球藻(綠藻)、矽藻、盤星藻、柵藻等)。故於3分地肥池加設幾池衛星小藻水池，適時補充優勢種藻水其效果必然加倍。7天之後，與蜆爭食之餌料生物例如輪蟲、水蚤陸續繁衍，雖然可混養魚、蝦以抑制輪蟲、水蚤，但是效果總是差強人意，引入蜆池的藻水其狀況亦相同。
雖然蜆能大量濾食浮游性植物，因而能提高養殖池水之透明度，但是屬於大型無法濾食之細小浮游性植物，會以「擬糞」形態排出於池底，當強力攪動養殖水時，蜆無法大量濾食之浮游性植物，又再次擴散於養殖池水中。因此，可依蜆大、小，適時混養能攝食大型浮游性動植物之魚、蝦、螺，及使用減速馬達水車增加溶氧量，同時於夜間產生滾動水流，使能集結及配合清晨排水動作排出多餘沉澱物，為使夜間能保持水質清澈，白天適量的引入藻水及傍晚積極換水，可提高養殖池水溶氧量及增加魚、蝦、螺、蜆的養殖生產量。如果有定期實施清池、分養工作之共識，池子應設計為容易進行清池、曬池之蜆池。池子設為多池，池與池之間具有連通管，同時又能控制為單流向水流。1.5－2月進行一次清池、曬池。當翻動砂質底時，其含沙比例自然提高，如此可延長砂質底的壽命，避免蜆黑殼化的發生。
二、水質管理
1. 水溫
水溫直接影響蜆的代謝速度。一般在適溫範圍內，隨著溫度的升高，蜆的代謝相對加強，攝食量增加，生長速度加快。
蜆屬變溫動物，水溫在10℃以上開始成長，15℃以上時，進入正常生長階段，最佳成長的溫度為22－25℃，水溫在32℃以上時，容易因水質及底層不良造成缺氧或腐質底沙泥釋出有害物質，造成大量死亡現象。故可以使用減速馬達水車增氧及產生滾動水流，以集結及配合排水動作排出多餘沉澱物，以提高魚蝦蜆的養殖產量。
2. 溶氧
當水中的溶氧量充足時，蜆攝食旺盛，消化率高，生長快。當水中的溶氧量過少時，棲息於池底的蜆，自然會往高處移動或喜集結於一處，企圖以多數蜆，一起吸吐所產生的一致水流之力量，以便得到更多的氧氣。當嚴重缺氧時會引起蜆的大量死亡。一般水產養殖之養魚池的水體每升的溶氧不得低於3 mg/L。當養殖池浮游性動植物大量增殖，導致池水透明度低於10 cm，溶氧低於0.8 mg/L時，養殖魚類會產生所謂浮頭現象。而不同於其它魚類的是，蜆無法迅速探出池水面，利用打水的動作，用鰓進行氣體交換，因此，當養殖池水溶氧量低於0.8 mg/L以下，容易引起蜆大量死亡。
3. pH值
蜆要在一定的pH值下才能正常生長。最適宜的pH值為7－8.5，pH值低於6表示水質不好，會對蜆的生長產生抑制作用，降低蜆生產量。當pH值小於4或大於10時，蜆會大量死亡。其預防方法為夜間盡量保持水質清澈。
4. 透明度
由藻水水色的濃、淡分布情形可判斷，蜆是否正常濾食。依業者經驗，一般1公頃面積的蜆池，如果接近引藻水口的水色比較濃，而水尾的水色很明顯比較淡，就表示蜆在大量濾食藻類，藻類被濾食後水色就淡，一般透明度最好維持在45 cm以上。
5. 氨態氮
水生動物代謝終產物一般是以氨的狀態排出，蜆也是如此。池水中氨的含量較低，水生生物和蜆排泄的氨被養殖池水稀釋，同時硝化細菌將其轉化為硝酸鹽，因此不會對蜆帶來多大影響。但在缺氧的情況下，氨就會累積，當達到一定濃度時，就會使蜆中毒，減少攝食，生長緩慢，高濃度時會造成蜆死亡。蜆放養密度太高時，氨的濃度就會升高，所以氨成為限制放養密度的重要因素。一般養魚水體要求氨的濃度不得大於0.3 mg/L。底層水缺氧，有機物產生厭氧分解，會積累太多的氨，因此提高底層水的溶氧量是防止氨積累和改良水質的重要工作。
6. 亞硝酸鹽
亞硝酸鹽是氨經細菌作用發生氧化反應生成的。亞硝酸鹽的存在對蜆有直接的毒性，亞硝酸鹽一旦超過0.2 mg/L水，就可能對蜆有不良影響，一般越冬池易發生亞硝酸鹽中毒症狀。一般養殖密度過大，池水經常缺氧，屬於大型無法濾食之細小浮游性植物，蜆會以擬糞形態排出，導致水體中有機物含量過高，亞硝酸鹽的含量也隨之升高。
7. 硫化氫
硫化氫是在缺氧條件下，含硫有機物經厭氧細菌分解後而形成的，在樹葉、雜草、殘餌、「擬糞」堆積過多的蜆池，常有硫化氫產生。它的積累會使蜆中毒，致使蜆窒息死亡，並且會大量消耗水中的氧氣。一般養魚水體要求硫化氫濃度不得超過1 mg/L。養殖池水有硫化氫產生也是池底缺氧的指標。氨態氮、亞硝酸鹽和硫化氫都是因為池中氧氣不足所產生的，對蜆有極大的危害，因此，常保持水中充足溶氧量及池水的流動是預防這三種有毒物質危害的重要工作。
三、飼養管理
利用養魚培養藻水之養蜆方法：目前台灣魚類養殖問題最為棘手的是在養殖過程中，魚的排泄物及飼料殘餌之沉積，經池中細菌分解，水質優養化，水中因而滋長很多的微小生物及浮游藻類，同時會消耗水中80%的溶氧量，如果優養化之水質，能作為養殖貝類的餌料加以利用，以減少地下水的使用量，是很好的對策。業者在0.8公頃的魚池中，放養3萬尾吳郭魚，再將魚池的藻水注入蜆池 (3公頃)，養殖成效頗佳。
優點：養魚過程中，藻水不必刻意培養，隨換水動作魚池中會自然滋生。缺點：(1)培育藻水之吳郭魚養殖池，須不斷的投餵日常所需之飼料，當藻水不足時需再投入有機肥料等，那麼就必須日、夜啟動水車，故其成本較高；(2)當吳郭魚魚價偏低時，其營收常處於養殖成本邊緣，一旦蜆池活存率不佳時，就會虧本。