小丑魚近親繁殖的過程是可確保與親代品系一致，但一直近親繁殖的結果可能會導致魚的花色、體型或成長不良，對個體也不好，雖然數代後還是具有繁殖能力，但孵化率及仔魚育成率會變差較不好養，所以繁殖時可適時加進新成員來增加基因歧異度，如此小丑魚會比較健康好飼養。近親繁殖的結果並非完全不好，像黑邊公子經過數代的近親交配及花紋色彩的挑選及穩定後，培育出雪印跟白金等高價品種。