由於台灣的淡水資源有限，加上養殖業快速發展，超抽地下水造成地層下陷的新聞時有所聞。為此，政府多年來也一直在推行循環水養殖，在技術上已無問題。
循環水過濾處理系統一般分為「養殖生物處理」及「過濾循環系統」二大類。
「養殖生物處理」係將養殖池排放之舊水導入具有淨化水質效果之生物養殖池，經吸收淨化後再循環使用。淡水魚塭常見的淨化池生物有：大頭鰱、白鰱、蜆、空心菜、布袋蓮等。
「過濾循環系統」依其作用模式分為物理、化學及微生物等過濾方式。
1. 物理過濾
利用物理方法將廢物去除之過濾方式，常見有：(1)沉澱過濾：利用較寬且深的水槽或沉澱池，並使水流速減緩，讓大顆粒或比重大的廢物沉降滯留；(2)機械過濾：利用機械方式將廢物移除，通常濾材愈密通過的水愈乾淨，但也愈容易阻塞。此外，有一些過濾機採自動清洗方式，惟一般效能愈高、愈自動化的設施，則相對成本會愈高。市面上常見有：粗粒過濾機、砂過濾器、袋濾器等。
2. 化學過濾
利用化學原理進行吸附、離子交換或氧化分解等方式來移除廢物，如傳統水塔常使用的曝氣氧化作用、活性碳床的吸附作用或利用樹脂作離子交換等方式，另養殖用水也常見使用泡沫分離方式過濾水中懸浮物質、有機質及代謝物質。
3. 微生物過濾
主要是利用附著在過濾材料上的硝化細菌（形成生物膜），將水中有毒的氨態氮及亞硝酸氨轉化成無毒的硝酸鹽。常見生物濾材有：毛刷、塑膠生物球、多孔性生物濾材、陶磁環濾材等。此外，使用微生物過濾的設施則有沉浸式生物濾床、滴流式生物濾床、生物旋轉盤等。