循環養殖系統中加入硝化菌和光合菌來改善養殖環境，一般而言，就效果與操作方便上以淡水環境較佳，因為目前市面上所販售的菌種幾乎是從土壤或淡水環境中分離出的，若使用在含有鹽分的環境上需要週期性的添加，才能有成效。一般造成養殖蝦類的病變原因大略可分為化學性、物理性、營養性與病原性等，主要以病原性病變為主，而病原性病變中又以病毒所引起的病變較為嚴重且無藥可醫，近年未引起蝦類爆發病毒性病變的病毒如草蝦中腸腺病毒、白斑病毒、黃頭病毒等就有30幾種，因此，水產養殖的第一要項是養殖無特定病原 (SPF) 物種。養殖過程的管理，最重要的是環境管理，利用益生菌管理水質為方式之一。水產養殖是一門需要具備多方面知識的技術，彼此環環相扣，每個環節都要顧到，所以水質監測是必須的。