(一) 藻水池之培養方式
目前蜆養殖方式，普遍只設置單一餌料培育池，故池底容易累積有機質；又引用藻水時，無法確定池中之有機肥是否充分醱酵，而且自然增殖之藻類濃度亦不穩定。這是因為池中有各種餌料生物，彼此制衡的結果，不容易產生某一種餌料生物之優勢種。另外，在引用藻水時，通常必須盡量抽取表層水，而且不能在翻攪後立即使用，所以餌料培育池之藻水利用率只能達到一半。餌料生物不足時，養殖業者會直接在養蜆池投撒肥料或飼料，當飼料沒有被完全利用及分解時就會沉積池底，並緩慢分解醱酵，造成底土變黑或酸化，經過一段時間就會腐蝕蜆殼，而產生「臭頭」蜆的現象。因此，相關改善方法為餌料培育池的水深須達60 cm，池水必須易於排乾、實施曬池及翻土工作。一般是將藻水池與養殖池的比例設為1 : 3－1 : 5，利用水位之落差，一池規劃為家畜、禽糞、尿收集分解池，三池以上設置為藻水培育池。一般藻水池30坪，化學肥料安全用量為硫酸銨10－15 kg，硝酸2.5－7.5 kg，過磷酸鈣2.5－5.0 kg。各藻水池應陸續進行曬池、翻動池底砂泥土的步驟；注水後一星期內，藻水池陸續會產生大量原生動物、綠色藻水 (小球藻 (綠藻))、矽藻、盤星藻、柵藻等。可利用池水之落差，將藻水引注入養成池。當第一池藻水供應結束後，應馬上進行曬池及翻土的工作。緊接著第二、三池之餌料生物培育池，陸續供應藻水給蜆養成池。養殖期間，白天最好能保持水色為綠褐色，透明度35 cm以上，到了黃昏剛好藻水被完全濾食，夜間池水色轉為清澈，同時也要加注新水，調節水質及保持適當水流。當藻水不足時，可以投餵人工粉狀配合飼料、黃豆粉、麥麩或米糠等。
(二) 蜆池管理重點工作
1. 營造光合作用菌之生長環境
光合菌種類甚多，蜆池若營造適當水流及優良水質，可自然生成。又大部分的光合菌，均能在底泥處吸收二氧化碳及硫化氫，並在日光下合成營養分而行自營生活。
2. 更換砂質，改善池底
蜆池經一段時間飼養後，池底會慢慢沉積一些污泥或藻類屍骸，而易產生蜆殼黑化。所以每當池蜆收成後，須將池底污泥或池底砂泥用推土機移除，然後再添加新砂約5－10 cm高，再繼續養殖。
3. 定期實施清池分養工作
如果有定期實施清池、分養工作，池子應設計為容易進行清池、曬池之方式。池子設為多池，而池與池之間具有連通管，同時又能控制為單流向水流，以利進行約1.5－2月清池、曬池一次的工作。當翻動砂質底時其含沙比例自然提高，如此可延長砂質底的壽命，即可避免蜆黑殼化的發生。
4. 生態性混養
蜆池內混養一些魚、蝦、螺類，一方面多少會有一些收穫，增加收益，另一方面養殖場的空間可以充分利用。(1)混養溪哥魚：溪哥魚是混養在蜆池中最理想的魚種，因為溪哥魚喜歡棲息於清澈水域的魚類，在池中不佔蜆生長空間。混養主要目的是可以捕食會消耗藻水之水蚤類，當動物性餌料不足時，也可以投餵一些人工飼料。平均每分地可放養4,000－5,000尾。因體型小 (約16 cm)、產量少，售價甚高；(2)混養淡水蝦類：溪蝦是混養在蜆池中最理想的蝦種，因為溪蝦喜歡游泳於清澈水域，在池中不佔蜆生長空間，又可以攝食池底附著性藻類、絲藻及夾雜於「擬糞」中的藻類，也能捕食會消耗藻水之水蚤類。溪蝦能在池中能自行繁殖，故常保持一定數量，自然生產量少、價格高，可間捕出售；(3)混養田螺：蜆池放養田螺，目的為能攝取底藻及飼料、藻屑沉澱物，可降低池底污染，增加收益。
以上三種魚、蝦、螺類與蜆一樣喜歡棲息於溫暖水域。當水質不佳，水溫達到32℃以上時，蜆常會有不良反應。主要對策是排水設計盡量能排出飼料、藻屑及「擬糞」等沉澱物的系統，然後再注滿池水。用減速馬達水車。因考慮節省電力，在水流能單向流通之地點，於夜間啟用一具抽水量適當的抽水馬達，使能帶動蜆池合適的水流，達到穩定水質的目標。