養殖池的消毒，可透過陽光曝曬與藥物消毒二種方式，各有利弊。陽光曝曬的優點是無需花錢且不會有產生抗藥性病原之疑慮，缺點是所需時間較長。藥物消毒的優點是所需時間較短，缺點是會產生抗藥性病原，一般常用之消毒物如生石灰、漂白粉 (漂白水) 與二氧化氯，生石灰除能消毒外，亦能提高pH值。漂白粉 (水) 的消毒是利用次氯酸鈉中的氯分子進行滅菌，所以漂白粉 (水) 屬氯系消毒，二氧化氯則是屬於氧系消毒，對於病原的作用機制不同，但漂白粉 (水) 與二氧化氯皆屬強氧化劑。在成本上由低至高為生石灰 < 漂白粉 (漂白水) < 二氧化氯，另外漂白水與二氧化氯 (液體) 有時效性，有效成份會隨儲存時間而降低。
至於放養前是否需放養綠藻種原，一般養殖池的水色會依水質、氣候與底質等因素而產生變化，因此，一般初期以綠色或褐色為主，至後期以藍綠色或紅褐色為主。一般在繁殖過程才會添加純藻種，在養成過程中則以控制水色的深淺為主，一般池水的透明度宜維持在20－50 cm左右。