硝化細菌培養基可分為淡水及海水兩種。在淡水培養基中，氯化銨 (NH4Cl) 只是培養基當中的一種成分而已，且使用量僅約溶液量的千分三左右，可依細菌成長的快慢而做調整，另還需要其他的物質如氯化鈉、硫酸鎂、氯化鈣、磷酸二氫鉀、氯化鉀、硫酸鐵、鉬酸銨、硫酸錳、硫酸銅、硫酸鋅、硼酸等。另外可使用碳酸氫鹽作為碳源及調整pH，使培養液的pH值維持在7.5左右。
海水培養基包含硫酸胺、硫酸鎂、氯化鈣、磷酸一氫鉀、螫合鐵離子、鉬酸鈉、氯化錳、氯化鈷、硫酸銅、硫酸鋅等。另外使用碳酸氫鹽作為碳源，並將培養液之pH值調查為8.2。
硝化細菌在培養的過程中需要有基質的附著，如活性炭、濾棉等具有孔徑可讓硝化菌依附的濾材。
使用氯化銨來培養硝化菌可以直接在池子裡培養，但須注重管理。培養時pH值會因硝化作用而下降，要控制維持pH值在7.5－8.2。因硝化菌生存溫度範圍大，常溫培養即可。營養鹽維持2－10 mM。D.O. 2－5 ppm，可採連續式培養，使硝化菌維持在指數期。
若還有不清楚的地方或是得到更多資訊，可查閱合記圖書出版社出版的醫用微生物學 (上、下冊)。