標記魚體為不加任何標籤，直接在魚體上標示記號。百年來，標記的方法包括染色法 (Color bath)、四環素浸漬法 (Tetracyclin bath)、紋身法 (Tatooing)、硝酸銀筆標記法 (Cauterization)、冷烙印法 (Cold branding)、剪鰭法 (Fin clipping)、放射性核標記法 (Radionucleotides) 等，但通常有時間的限制或因魚體損傷部位的再生，或染色藥劑的濃度，而有不同效期。
來函針對吳郭魚、虱目魚及草蝦的標記，因魚種的生態特性及試驗目的不同，可能要先進行預備試驗。對於吳郭魚可嘗試以切除腹鰭或鰓蓋的剪鰭法 (此法較經濟，但費人力)，虱目魚因容易受驚嚇，可嘗試以四環素浸漬法或硝酸銀筆標記法 (較簡便，但經費高)，草蝦在台灣曾有進行塑膠製流線式標籤植入蝦體或以帶碼線型微標誌的試驗 (蘇，1990, 1994)。
一般去除養殖池中魚卵的方法，為潑灑石灰或茶粕，也有放養較兇猛的天敵，但都無法完全清除，較有效的方法為清池後充分曬池，並翻動較深層的底泥，徹底曝曬，儘可能殺死池底的魚卵，但這些均因試驗目的及條件有所不同，以上提供參考。可參考：吳全橙 (1995) 魚類的標誌與標記。漁業署漁業推廣，第101期：49-56頁。