酵母菌通常是用來當作培養輪蟲的餌料，不適合直接作為水產養殖生物的主要飼料。至於光合細菌在水產養殖的應用主要有：(1)作為養殖水質淨化劑；(2)作為飼料添加劑；(3)用於魚蝦等幼苗的培育；(4)作為動物性餌料生物的餌料以及(5)魚病防治等，基本上亦不適合直接當作水產養殖生物之主要飼料。因此，上述兩種微生物都不適合當做鰱魚養殖的主要飼料。
養殖海水魚類中並無以浮游植物為主食的種類，虱目魚會攝食浮游生物或高等藻類，但在飼養管理上還是以投餵人工飼料為主，才能符合養殖成效。
氮素是植物生長的主要元素之一，一般以含氮的有機物質分解成無機狀態的氨及亞硝酸氮後供應養殖物所需。在養殖廢水中，由於投餌及魚蝦的排泄物，氮素往往會累積過量，常造成池水的優養化。水中含氮有機物質先經微生物氨化作用分解成氨基酸，再經硝化及去氮作用將氨變成亞硝酸或硝酸態氮，即可供給水中植物利用。部分藻類亦可直接利用水中的氨，提供自身成長所需。