在國內尚未見以蠅蛆為主要飼料的水產養殖種類，惟據報導，由於蠅蛆蛋白質豐富，必需胺基酸種類齊全，是一種新的、廉價的飼料蛋白來源。據悉，中國為緩解水產飼料蛋白原料缺乏的問題，已有試驗單位投入開發蠅蛆作為新型飼料蛋白源，試驗物種包括：吳郭魚、黃鱔、對蝦、三疣梭子蟹、牛蛙、稚鱉等。蠅蛆用於水產養殖大致有2種方式：(1)直接投餵活蛆；(2)將蠅蛆製成蠅蛆粉，代替魚粉當做飼料原料。
據試驗結果顯示，蠅蛆在水中活存時間長，且漂浮於水面，有利投餌量的控制，減少水質的污染。至於死蠅蛆會不會影響養殖物種進食意願，應與養殖物種及馴餌的成效有關。