一般室內循環水養殖系統會利用生物濾床的細菌進行礦化、硝化作用，將含氮廢物轉換成毒性較低的型態，若再利用植物體的同化作用，則可進一步合成植物組織，將含氮廢物徹底去除。目前坊間所見的〝魚菜共生〞就是利用此原理，其將養魚廢物抽運到植物吸收的生物濾池系統，成為植物生長的營養液。所以室內循環水養殖的廢水對魚塭的藻類而言是生長的營養液，可促進藻類成長。此外，藻水對養殖魚類而言，不但有遮蔽穩定的作用，更是調節池水酸鹼值的天然緩衝物質。就魚塭生態環境而言，藻類屬於初級生產者，有利於初級消費者 (如輪蟲、水蚤等)、次級消費者 (如水生昆蟲、魚蝦幼苗等) 的產生，對魚池的生產力有正面的效果。
因此，如上所述，室內養殖池若培養 (或引進) 藻水，對養殖生物或水質應有穩定乃至增產的效果，唯實務操作上應考量硬體的規劃設計及流程的安排，大致包括：
一、含氮廢物的處理，規劃重點如：(1)是否要提供做魚塭之營養鹽或須予移除；(2)於室內或室外處理；(3)利用過濾設施處理或使用生態方式淨化。
二、藻水在循環系統的維持，注意事項如：(1)藻類不可為過濾設施所濾除；(2)須提供藻類生長的光源以保持其新陳代謝；(3)養殖池中藻水的濃度不可太高，避免筍殼魚缺氧及影響攝食；(4)養殖水採內部循環或與魚塭共同循環。
三、注意魚塭的水質是否遭受污染，對要引進室內養殖池的水質要先做適當的處理。