pH值會隨著溶氧量的高低呈日週變化，它會影響血液中紅血球對氧氣的結合能力及氧氣的攜帶能力，在水體環境不佳時尤其需要注意。吳郭魚在pH 5.0以下的酸性廢水中就會有死亡發生，pH值在6.5－9.0的範圍內均可正常生存。
水的透明度 (水色) 是由浮游生物濃度、有機質、泥沙及其他懸浮物質等決定，吳郭魚對於浮游生物的消化利用率佳，是很好的輔助餌料，因此養殖用水要保持一定的透明度，一般情況下，魚苗期或養殖前期 (150 g以下)，視情況可能需要以施肥等方法控制水的透明度在20－30 cm，養殖後期主要是以換水或控制投餌量等方法控制透明度約在30－40 cm。