養殖池經過長年累月的使用後，養殖環境容易惡化，放養密度過高、投餵飼料過量及生物排泄物等有機物累積在池底，都會導致水質惡化，病原菌叢生，使魚蝦遭受緊迫或因而罹病；當面臨魚蝦發生疾病時，以往業者多使用抗生素及其他化學藥物治療，然而抗生素及化學藥物過量的使用易發生殘留，污染環境及危害人體健康，目前有相當多的研究報告顯示，適當的使用益生菌對於改善養殖環境、提升水產生物的養殖成效及疾病的預防具有良好的效果。
目前應用在水產養殖的主要益生菌包括硝化菌、光合菌、枯草桿菌、乳酸菌及酵母菌等。硝化菌、光合菌及枯草桿菌有助於分解池中養殖生物之排泄物、池底有機物質、抑制病原菌及改善魚蝦生存環境。而乳酸菌及酵母菌主要添加於水產生物的飼料中，提高魚蝦的抗病力。隨函檢附益生菌應用於水產養殖的相關報告2份：(1)陳秀男、冉繁華 (2005) 多醣體與生物製劑的研究。水產試驗所特刊第6號，白蝦養殖產業發展與技術創新，155-165；(2)蘇忠楨 (2009) 水產養殖池水質改善微生物製劑技術之產業化介紹。動物生技春季號，10-17，請卓參。
有關自國外引進益生菌之程序，請上經濟部國際貿易局網站http://www.trade.gov.tw/ 貨品分類及輸出入規定查詢；依據您輸入貨品之用途及分類編號等，由行政院農業委員會或行政院農業委員會動植物防疫檢疫局核發許可證明。