池水的透明度主要受水中浮游生物量的影響,高密度的浮生物量除了降低透明度外,亦會影響池水溶氧量及pH值的日變化幅度。通常池水中含有足夠溶氧量的最大深度約為透明度 (深度) 的2-3倍,在更深的地方則會有溶氧不足的問題。透明度在養殖過程會隨著養殖時間增加而降低,在養殖前期透明度為50-60 cm,至養殖後期約25-30 cm,養殖期間需要適當的水色,可以安定養殖生物減少殘食,透明度約在30 cm為最佳,低於20 cm則不利於養殖。
浮游生物 (藻類) 濃度的上升,主要出現在養殖中後期階段,因為養殖期間大量的殘餌及養殖生物排泄物的累積,使水中有機質含量增加,相對的會使浮游生物及藻類大量繁生,此時的水質較不易控制。特別是在水色過濃,浮游生物 (藻類) 大量繁生時,pH值也會跟著提高,可以採換水及循環水處理,其次才添加適當的殺草劑或腐植酸鈉等方式來降低浮游生物 (藻類) 量及穩定pH值,池中如有養殖生物,在使用上需更加注意。在收成後,需徹底整池、翻池及曬池,改善底土,放養期間的水質才會更為穩定。