馬蹄蛤為二枚貝的一種，影響二枚貝攝餌的因子主要有餌料的濃度、餌料顆粒的大小、水溫、鹽度、酸鹼值 (pH)、生物個體大小、擾動程度和族群密度等。二枚貝可攝取利用之餌料種類繁多，如微細藻類、水溶性或在底部分解的懸浮性有機質、細菌、有機懸浮性顆粒、大型藻類碎屑或孢子、原生動物、浮游動物等，還可從水中直接吸收游離的胺基酸及可溶性有機物質 (包括有機酸、脂肪酸和單醣類等)。馬蹄蛤具濾食特性，引用藻水作為馬蹄蛤餌料是最佳的給餌方式。有關利用室內循環水飼養馬蹄蛤，應考慮循環水中的藻類濃度是否足夠馬蹄蛤利用，有人會再添加粉狀飼料，但因粉狀飼料難以在短時間內被馬蹄蛤利用，建議另做一池高濃度藻水池，利用自動化系統適時添加以供馬蹄蛤食用。