養殖池水的更換，應使用水質良好的水源，才有助於稀釋有害物質。當新水 (地下水) 的氨氮含量太高，換水後會增加池水中氨氮濃度，所以換水應以少量多次為原則，以期池水中的微藻將氨氮作為氮源消耗掉。另外，在水溫及pH值均較高的環境下，可以使用曝氣法，如開動水車使NH3氣體分子擴散至空氣中。而池水氨氮濃度升高的原因，除注入之地下水含氨氮外，也有可能是微藻死亡後分解，使氨氮釋入水中或池底底質發生劣化而釋進水體。
養殖過程中，維持優良微藻的優勢是很重要的工作，當養殖池中微藻優勢族群改變，可由水色的變化中得知，因此可以由水色的推斷來得知日常管理，如飼料投餵量、換水量、水車開啟時間、水質或土質改良劑施用是否得當。當水色發生變化而須要補救，除檢討養殖池管理外，可以事先預備一藻水池，池中培養優良微藻，例如綠藻，當養殖池水色劣變，將養殖池水排水後注入藻水，使優良微藻重回優勢地位。或是亦可引其它水色優良的養殖池池水取代，則可以省下藻水池的土地空間，惟此舉須注意疾病交叉感染的問題。
BKC是四級胺鹽類的消毒劑，且可用作為除藻劑，以控制水中微藻濃度，但須注意使用劑量以免危害養殖物。惟前揭藻相發生變化者，已非單純微藻濃度過高須減少其濃度，而是必須讓原本優良微藻重新取得優勢，因此使用此類藥劑的效果有限，仍須由日常管理並搭配注入藻水著手，以重回優良微藻藻相。
動物性浮游生物繁生對養殖池水色是一大傷害，倘經鏡檢後確定，在做出水色之前須先去除動物性浮游生物，較溫和的做法是在水車後方加掛浮游生物網，利用水車收集水中動物性浮游生物，以避免動物性浮游生物將微藻攝食殆盡。
