水生動物放流大略可分為兩個方向，一為放流瀕危物種，另一為放流經濟物種。
放流瀕危物種便是針對數量日漸減少的魚種進行放流，例如櫻花鉤吻鮭、菊池氏細鯽、蓋斑鬥魚等，放流前需有完整的環境評估，例如水域是否適合該魚種生存、當地是否原先即有該種魚 (尤其不可放流外來種、非當地物種)、放流水域的大小，可涵蓋多少魚苗存活等調查準備工作。
放流經濟物種則是以漁業需求為考量，放流的物種大多為笛鯛、石斑等大型、高經濟價值魚類，但這些魚種大多屬於食物鏈上層的肉食魚類，雖然放流後可能可以增加漁業產量，但也很可能破壞原有的生態平衡，以及原來便在當地的笛鯛、石斑等的基因庫。
若以生態保育來說，放流通常是最後的復育手段，因為要達到對自然生態有益的放流，需要許多前置的研究調查與評估。台灣生物多樣性的喪失的原因，很重要的一點便是不當的宗教放生活動，因此在2013年通過實施「水產動物增殖放流限制及應遵行事項」，放流魚苗與其他物種需要地方主管機關核定，另在2014年強化「野生動物保育法」中有關放生的規定與限制，故而並不建議以個人的身份從事魚苗放流活動。
其實只要減少人為干擾，移除人為破壞，給予足夠的時間，自然生態有自我復原與平衡的能力。例如屏東縣政府公告每年12月至隔年3月，不帶遊客踩踏潮間帶，便能達到最有效的休息養生；或是配合小琉球商圈發展協會定期發動的淨灘活動；小琉球生態發展聯盟長期關注椰子蟹、陸蟹的路殺問題等，皆可以考慮與之聯繫並提供幫助。