益生菌約7－10天施用一次，大雨颱風惡劣天候前後追加施用。小面積的養殖環境可直接潑灑，大面積則可自行擴大培養，獲得較多的菌數後再行施用，以降低成本。施用益生菌應該是循序漸進且定期持續投放，以防治為目的，而非用來治療。當有疫情發生時，需合理投藥治療，待回復後繼續使用益生菌，建立防衛系統。
一、光合菌之擴大培養
培養桶每公升加入3－5 g魚溶汁或糖蜜及2 g味精 (麩胺酸) 當培養基，接種菌母200 cc封蓋培養，置日光下全日照7－10天可用。選擇顏色較佳者繼續繼代培養。
二、枯草桿菌之擴大培養
每公斤菌母配合3－5 kg虱目魚沈料或脫脂豆粉加水100 L，打氣上蓋避陽光，偶爾攪動底部沉澱物。4－6天臭酸味降低轉微酸香，表示發酵完全，即可使用。施用時，拿掉打氣，取上清液，可供1甲地使用。