文蛤養殖之水質判斷方法主要分成目測和儀器、試劑檢測，目測以觀察池水透明度與池水藻類濃度變化為主，儀器與試劑檢測則以測定酸鹼值、鹽度、氨氮、亞硝酸氮、底質氧化還原電位與池水硬度變化。由於文蛤棲息於底土中，其生存活動主要依靠進、出水管交換水中的氧氣、攝取水中藻類為食、吸收水中鈣離子造殼和排除排泄物、代謝物質。當池水藻類濃度過高，就會影響文蛤呼吸濾水活動，因文蛤為克服藻類過多的影響，會分泌大量黏液將非攝食需要之藻類包覆排出，但若一直無法清除外在環境藻類，且分泌黏液超越生理負荷時，將會減少呼吸、排泄與攝食活動頻率及水體交換量，間接降低文蛤的攝食與生理活動，而影響其生長。故一般魚塭會養殖文蛤來觀察池水透明度與藻類濃度變化，作為水質管理第一判斷參考。但因目測觀察無法判斷出藻類濃度，常以測定透明度來觀察。文蛤池水質透明度管理建議以維持在池水深95% 以上較佳 (例如池水深100 cm，透明度則至少要95 cm)。一般文蛤池水質在日落後因藻類光合作用停止，藻類增殖率下降，池水因文蛤濾水率 (呼吸與攝食) 使藻類濃度急速下降，池水透明度增加，而於日出前達到最高，常清澈見底。日出後藻類行光合作用，溶氧增加，藻類增殖率增加，若藻類增殖率高於文蛤濾水率，則池水出現藻色，透明度略降，當此一消長模式發生變化，則可能是池水、藻相、文蛤或三者間同時失衡。當池水不分日夜持續保持在高透明度下，且文蛤無成長，則表示藻類增生速率無法滿足文蛤需求，則可能是池水營養鹽不足或池水環境不適合藻類生長。反之，若池水透明度持續過低，則可能是：(1)池水營養鹽過高，藻類增生速度大於文蛤需求；(2)藻相不符文蛤需求；(3)池水不適合文蛤活動，濾水率下降；(4)文蛤生病，濾水率下降。當目測觀察出現異常後，則可將蛤體與水質採樣送至各縣市政府動植物疾病防疫所檢查。
目前一般常用的水質檢測試劑或儀器可上網鍵入水質檢測試劑或水質檢測儀器即可得供應商。