當面臨養殖生物發生疾病問題時，以往養殖戶常使用抗生素加以治療，然而抗生素過量的使用易發生殘留而污染環境及危害人體健康，也可能導致具有抗藥性的菌株出現，而此風險不只造成養殖的損失，該類具有抗藥性的細菌也會危害到人類。許多國家及團體在動物生產上設定嚴苛的抗生素使用規範，而目前一般大眾也反對使用不必要的抗生素。因此基於抗生素的施用及病菌對於養殖戶與人體健康的威脅，必須尋求其他方式以維持養殖生物之健康，目前有相當多的研究報告顯示，適當的使用益生菌，對於提升水產生物的養殖及疾病的預防與抵抗具有良好的效果。
益生菌通常定義為用以提升宿主健康所使用的微生物，而水產的益生菌尚包括可以改善水質的微生物。水產上所使用益生菌的範圍較陸上動物為廣，而主要種類為乳酸菌、芽孢桿菌類 (Bacillus spp.)、光合菌、硝化菌及酵母菌等。而目前常用於水產養殖的益生菌，其主要功能包含下列幾項：增加營養及改進飼料消化性、產生抗菌物質抑制病原菌、與病原菌競爭進而排斥病菌、提升生物免疫能力、抵抗病毒及改善水質等。
由於益生菌種類繁多，不同益生菌對於抗生素之抵抗能力不一，因此，建議使用益生菌時盡量不要再施用抗生素，以避免影響益生菌的活存及功能，同時也降低抗生素所造成之危害。
目前國外進行益生菌相關研發時，大部分會分析益生菌對於不同抗生素之抵抗能力，為了避免具有抗藥性的菌株出現及其抗藥基因的轉移，一般傾向篩選對於抗生素敏感的細菌作為益生菌，本所目前也進行相關水產益生菌之研發，也將盡量篩選對於抗生素敏感的細菌作為益生菌。