秋刀魚的公母在外觀上沒有明顯分別，魚販也不會特別分開來賣。如果要分辨，僅能由生鮮秋刀魚尾端的泄殖孔型態來判別，但通常市場上的秋刀魚都是在船上急速冷凍後送回臺灣，冷凍後的秋刀魚不太好擠出雌魚的生殖孔，最有效的判別法還是要經由解剖觀察其生殖腺。
另外，秋刀魚的產卵季在春冬，臺灣漁船是在夏季時到西北太平洋捕撈 (冬天時改去西南大西洋釣魷魚)，故通常不會捕到抱卵的母魚。日本的漁船也不會在產卵季時捕撈秋刀魚，因為抱卵肉瘦，滋味不佳，通常只有在船上的漁師有機會吃到，一般人也吃不到。目前日本已開始對秋刀魚進行漁業資源管理，不捕小型魚，不捕產卵群，未來在公海也會規定漁業配額量，故以保育的立場，也不建議去找抱卵的母魚來吃。